バーニーズ・マウンテン・ドッグがかかりやすい代表的な病気は股関節形成不全、肘関節形成不全、胃捻転、進行性網膜萎縮症などがあります。バーニーズ・マウンテン・ドッグは19世紀後半ごろに一度絶滅しかけたことがあります。その際、スイスのブリーダーによって繁殖されて今に至るのですが、必然的にインブリード(近親交配)が増えてしまったため、先天性疾患が多くなってしまいました。近年は計画的な交配により、疾患の確立は減ってきているようですが、骨格、関節などに先天的な病気が出やすいようです。
そのため、一番なりやすい病気としては、股関節形成不全が挙げられます。この病気は股関節の発育が悪く、骨盤部のへこみが浅く、大腿骨の先端が絶えず抜けそうになる慢性的な亜脱臼状態になる病気です。病状が悪化すると歩行ができなくなることがあります。外科手術によって治療ができる場合もありますが、手術は大変難しいため、手術の料金も大変高額になります。肥満にさせてしまうと股関節に負担がかかるため股関節形成不全になりやすくなります。そのため、バーニーズ・マウンテン・ドッグは絶対に肥満にさせてはいけません。
また、バーニーズ・マウンテン・ドッグは寒い気候の中で発達してきた犬のため、暑さには弱いです。夏場は熱中症にならないように気をつけましょう。その他には、耳が垂れているため耳垢がたまりやすい傾向があります。耳垢がたまると外耳炎、中耳炎、内耳炎といった病気を引き起こしてしまいます。内耳が病気に侵されてしまうと、平衡感覚が崩れて同じところをグルグルとまわったり、首が斜めに向いたままになったりしてしまいます。神経をやられてしまうので、最悪の場合死に至ることもありますので気をつけましょう。